Trước khi sử dụng CKS để thực hiện TTHQĐT, người khai hải quan phải đăng kí CKS với cơ quan Hải quan thông qua Cổng thông tin điện tử Hải quan.
Các nội dung đăng ký gồm: Tên, mã số thuế của cơ quan, tổ chức xuất nhập khẩu hoặc đại lí làm thủ tục hải quan (nếu có); họ và tên, số chứng minh nhân dân hoặc hộ chiếu, chức danh (nếu có) của người được cấp chứng thư số; số nhận dạng CKS (Serial Number); thời hạn hiệu lực của CKS. CKS đã đăng kí của người khai hải quan được sử dụng để thực hiện TTHQĐT trên phạm vi toàn quốc