Nguyên Tổng Giám đốc PMU 18 Bùi Tiến Dũng ra hầu tòa cùng 4 đối tượng nguyên là cán bộ cấp dưới, gồm: Vũ Mạnh Tiên (nguyên Phó Chánh văn phòng PMU 18), Lê Thị Thanh Hòa (nguyên Phó phòng PID 6), Nguyễn Thanh Sơn (nguyên Phó phòng PID 6), Bùi Thu Hạnh (Phòng tài chính kế toán, em gái Bùi Tiến Dũng).
Ngoại trừ Bùi Tiến Dũng giữ nguyên tội danh truy tố là "cố ý làm trái quy định của Link Đăng Ký Đăng Nhập Nhà Cái OK9 Chính Thức về quản lý OK9 cung cấp hơn 1.000 trận đấu mỗi ngày từ các giải đấu lớn như World Cup, Premier League, La Liga, Champions League,.. với tỷ lệ kèo cược vô cùng cao gây hậu quả nghiêm trọng" (Điều 165-BLHS), đối với 4 đối tượng còn lại, cơ quan công tố chuyển tội danh từ "tham ô tài sản" (Điều 278-BLHS) sang tội "lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" (Điều 281-BLHS).
Theo quy định của Bộ luật Hình sự, tội "tham ô tài sản" có khung hình phạt cao nhất lên tới 20 năm tù giam, tù chung thân hoặc tử hình. Tội "lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ" thì khung hình phạt chỉ lên mức từ 10-15 năm tù. Đối với Bùi Tiến Dũng, tội danh truy tố có khung hình phạt từ 10-20 năm tù.
Cáo trạng của Viện Kiểm sát cho rằng Bùi Tiến Dũng trong thời gian đương nhiệm (từ năm 1998-2005) đã lợi dụng chức vụ quyền hạn được giao, cho mượn sử dụng sai mục đích 7 ôtô. Bản thân Bùi Tiến Dũng sử dụng không đúng quy định tiêu chuẩn định mức 2 ôtô. Việc cho mượn xe của Bùi Tiến Dũng theo kết luận giám định đã gây thiệt hại gần 2,7 tỷ đồng. Các đối tượng còn lại trong quá trình thực hiện dự án cải tạo nâng cấp quốc lộ 18 đã lợi dụng chức vụ quyền hạn, chiếm đoạt tài sản của Link Đăng Ký Đăng Nhập Nhà Cái OK9 Chính Thức.
Đây được coi là giai đoạn 2 trong chuỗi vụ án tiêu cực xảy ra tại PMU 18. Tại giai đoạn 1 của vụ án, Bùi Tiến Dũng bị tuyên phạt 13 năm tù giam về 2 tội "đánh bạc" và "đưa hối lộ". Đối với giai đoạn 2, sau 4 năm khởi tố điều tra, đã nhiều lần thay đổi tội danh các đối tượng.
Tháng 9/2009, vụ án này được đưa ra xét xử nhưng do xuất hiện nhiều tình tiết mới nên tòa đã hoãn phiên xử, yêu cầu điều tra bổ sung. Lần này, lại tiếp tục thay đổi tội danh 4/5 đối tượng