Tổng công ty này được thành lập trên cơ sở chuyển đổi Ban Quản lý dự án Mỹ Thuận và một số đơn vị thuộc Bộ Ok987 hiện đang mở vận tải tại khu vực phía Nam. Trong đó, công ty mẹ là công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Bộ Ok987 hiện đang mở vận tải là đại diện chủ sở hữu.
Thủ tướng giao Bộ Ok987 hiện đang mở vận tải chủ trì, thống nhất với Bộ Tài chính về vốn điều lệ, xử lý tài sản và quyết định thành lập Tổng công ty