Bước đầu, đã ghi nhận 12 loài ngoại lai xâm hại, gây ảnh hưởng đến đa dạng sinh học của khu bảo tồn, trong đó có 5 loài thực vật, gồm: cây mai dương, cây trinh nữ móc, cỏ lào, bèo tây và cây bông ổi; 5 loài cá được xác định là những loài ngoại lai du nhập, gồm: cá lau kiếng, cá hoàng đế, cá chim trắng, cá trê phi và cá rô phi đen. Ngoài ra, còn phát hiện sự xuất hiện của rùa tai đỏ, ốc bươu vàng.
Nếu không có biện pháp ngăn chặn, những loài sinh vật ngoại lai sẽ lấn át các sinh vật bản địa và dần sẽ gây mất cân bằng sinh thái và tác động xấu đến môi trường