Trước đó nhiều nguyên nhân cho rằng máy bay rơi bởi thời tiết xấu gây ra do một cơn bão tràn vào vùng lãnh thổ này vào sáng sớm ngày 23/7.
Theo các quan chức Đài Loan, thời tiết ngày 23/7 vẫn phù hợp cho việc vận chuyển hàng không. Cục trưởng cục Hàng không dân dụng Đài Loan bà Jean Shen cho biết thêm rằng, trong khoảng thời gian từ 14 h - 19h có 9 chuyến bay cùng trên tuyến đường đó nhưng chỉ có chuyến bay của hãng TransAsia gặp nạn.
Hiện các nhà điều tra vẫn chưa đưa ra nguyên nhân chính xác của thảm họa này. Uỷ ban điều tra đã bắt đầu kiểm tra hai hộp đen của máy bay gặp nạn để tìm hiểu chính xác điều gì đã gây ra một trong những thảm họa hàng không tồi tệ nhất trong lịch sử Đài Loan.
Trong một diễn biến có liên quan, Chủ tịch nước Trung Quốc Tập Cận Bình - người đã có chuyến công du tại Mỹ La tinh đã gửi lời chia buồn tới gia đình các nạn nhân của vụ máy bay rơi. Cổ phiếu hãng TransAsia Airways đã giảm 5,5% sau khi tin tức về vụ rơi máy bay được công bố