Trong thời gian giữ chức vụ Phó chánh Văn phòng Huyện ủy, ông Hải đã cùng với Chánh Văn phòng Huyện ủy chỉ đạo thủ quỹ đơn vị chi ngân sách Đảng không qua kế toán cũng như không báo cáo với Thường trực Huyện ủy. Thậm chí, ông Hải còn thống nhất “chủ trương” đi vay tiền bên ngoài để xoay sở, chi tiêu của văn phòng, đồng thời chiếm dụng trên 300 triệu đồng. Số tiền này, ông Hải đã khắc phục xong.
Liên quan đến vụ việc, BTV Huyện ủy Tân Hồng cũng cách chức Ủy viên BTV Huyện ủy đối với ông Lâm Trần Ngoan, Bí thư Đảng ủy thị trấn Sa Rài.
Trước đó, tháng 7/2014, Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Đồng Tháp cũng đã biểu quyết thi hành kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo ông Nguyễn Văn Dưỡng, Phó Bí thư thường trực Huyện ủy và ông Phùng Thanh Hải, Phó bí thư - Chủ tịch UBND huyện Tân Hồng, do thiếu trách nhiệm trong lãnh đạo, điều hành công tác tài chính, buông lỏng kiểm tra, để cán bộ vi phạm chi thâm hụt ngân sách, chiếm dụng ngân sách