Tại buổi thảo luận, một số ý kiến cũng nêu vấn đề liệu có cần thiết phải thành lập đơn vị quản lý vận hành đại lộ Thăng Long hay không? Sở GTVT dự kiến thu phí trên đại lộ Thăng Long theo loại xe, tải trọng và quãng đường đi.
Hình thức thu phí chủ yếu là hình thức trả phí không dùng tiền mặt (ETC) thông qua tài khoản đăng ký trước với hệ thống, hoặc thẻ trả trước với mệnh giá khác nhau