Vụ tai nạn xảy ra vào sáng 23/4, tại đoạn đường ngang dân sinh ở ngã tư Như Quỳnh, huyện Văn Lâm. Thời điểm xảy ra tai nạn đoàn tàu Hà Nội - Hải Phòng mang số hiệu D12E–657 chạy qua đường ngang dân sinh, đúng lúc đó, một chiếc xe container mang BKS 16R-4779 chạy trên QL5 bất ngờ rẽ vào đoạn đường ngang dân sinh này.
Do thùng xe kín cùng với tiếng ồn, lái xe không tập trung nên không nghe thấy tiếng ngăn cản của người đi đường. Khi chiếc xe đi qua đường ray bị cả đoàn tàu khách đâm trực diện, xé toang thùng container, tạo ra tiếng va chạm lớn. Do đoàn tàu không phanh được ngang lên đầu tàu đã kéo cả xe container đi nhiều mét trong tình trạng nhấc bổng cả 4 bánh xe.
Vụ va chạm quá mạnh và bất ngờ đã khiến cả đoàn tàu bị nghiêng. Vụ tai nạn đã làm hư hại khoảng 30m đường sắt, một toa tàu bị hỏng nhẹ, chiếc ôtô container bị hỏng nặng. Được biết, đoàn tàu gặp tai nạn là đoàn tàu rỗng đang trên đường kéo toa xe về ga Lạc Đạo để lập tàu tăng cường vào tối 26/4 phục vụ khách nghỉ lễ 30-4 và 1-5 nên không có thương vong. Lái xe container cũng may mắn không bị thương.
Vị trí xảy ra tai nạn là đường ngang dân sinh tự phát, rào chắn phòng vệ do địa phương thiết lập và quản lý đang trong quá trình làm thủ tục để đưa vào hệ thống phòng vệ của đường sắt quốc gia. Đến khoảng 16h, việc sửa chữa đường sắt bị hư hỏng mới được hoàn tất, các đoàn tàu khác có thể khởi hành.
Về việc một số người cho rằng, khi đoàn tàu đi qua, có chuông báo và đèn tín hiệu tại đường ngang nhưng không có nhân viên trực nào đóng barie, Đại tá Trần Văn Đạt cho biết, cơ quan điều tra đang làm rõ, nếu đúng có việc trên sẽ xử lí nghiêm