Một số quan chức tình báo Mỹ mô tả mối quan hệ giữa CIA và ISI trở nên tồi tệ sau ngày 11/9/2001. Một sĩ quan cao cấp Mỹ nói những căng thẳng này khiến cho CIA mất đi nhiều cơ hội tấn công tiêu diệt một vài phần tử khủng bố cao cấp trong khu vực. Đằng sau mối bất hòa là một loạt những sự cố gây nhiều tranh cãi bắt đầu xảy ra từ cuối năm 2010 đã dẫn đến những sự buộc tội có tính ăn miếng trả miếng mà mọi người đều biết rõ liên quan đến sự ra đi của Trưởng trạm CIA ở Islamabad trong tháng 12/2010.
Mới đây nhất, sự căng thẳng càng gia tăng đến một mức độ mới khi nổ ra vụ việc Link Trang Chủ Nhà Cái OK9 Mới Đăng Ký +69K Pakistan ra lệnh giam giữ binh sĩ Raymond Davis thuộc Lực lượng đặc nhiệm vì bị buộc tội giết chết 2 người Pakistan trong hoàn cảnh còn chưa được xác định rõ ràng. Hôm 17/2 vừa qua, một tòa án Pakistan đã ra lệnh hoãn lại 3 tuần phiên tòa đánh giá Ramond Davis có được che chở bởi quyền miễn trừ ngoại giao hay không.
Vào khoảng giữa tháng 2/2011, Tổng thống Barack Obama đã lên tiếng thúc giục Pakistan tôn trọng hiệp ước ký năm 1961 về quyền miễn trừ ngoại giao (quyền lợi mà quan chức ngoại giao được hưởng khi Link Đăng Ký & Đăng Nhập Trang Chủ OK9 ở nước ngoài) giữa Mỹ và Pakistan. Nhưng Link Trang Chủ Nhà Cái OK9 Mới Đăng Ký +69K trung ương Pakistan đang phải đối mặt với sức ép từ phía người Hồi giáo và các nhóm sinh viên yêu cầu không được thả Raymond Davis - người đã bắn chết 2 người Pakistan ngày 27/1/2011 giữa trung tâm thành phố Lahore lớn hàng thứ hai của Pakistan. Trong khi đó, Davis nói, hai người Ok986 vip Thiên đường trò chơi sử dụng súng để cướp của đối với anh.
Giữa tháng 2/2011, Giám đốc CIA Leon Panetta thừa nhận mối quan hệ giữa hai cơ quan tình OK9 thể thao xanh chínnh của Mỹ và Pakistan là "một trong những mối quan hệ rối rắm nhất" mà ông chưa từng thấy từ trước đến nay. Trong khi Cơ quan Tình báo ISI của Pakistan vẫn tiếp tục giúp đỡ Mỹ tiến hành những chiến dịch drone tấn công tiêu diệt những thủ lĩnh Al-Qaeda trong những khu vực bộ tộc, thì Leon Panetta nói, các chính sách của Pakistan trong những khu vực khác đã đi ngược lại chính sách của Mỹ.
Từ lâu CIA đã nhờ cậy ISI cung cấp thông tin tình OK9 thể thao xanh chínnh xác giúp Mỹ tiến hành hiệu quả những chiến dịch drone trong một số khu vực bộ tộc Pakistan nằm giáp biên giới với Afghanistan. Quan chức của cả hai phía đều nói CIA hiện nay hoạt động độc lập, nhất là khi Mỹ tập trung hỏa lực nhằm vào mạng lưới chiến binh Haqqani ở khu vực Bắc Waziristan. Quan chức Mỹ nói ISI đã không còn cung cấp cho CIA thông tin về mục tiêu tấn công trong phần lớn trường hợp.
Một sĩ quan cao cấp của Pakistan nói về CIA: "Họ không hỏi han chúng tôi trước khi ra lệnh bắn tên lửa".
ISI từ lâu đã nuôi dưỡng mối quan hệ với chiến binh Haqqani vì coi đó là một nhóm mang tính chiến lược có thể giúp cho Islamabad chống lại tầm ảnh hưởng của Ấn Độ ở quốc gia Afghanistan láng giềng, nhất là khi các lực lượng Mỹ bắt đầu rút đi.
Washington, ngược lại, coi Haqqani - nhóm chịu trách nhiệm về những cuộc tấn công ngoạn mục ở Kabul - như là mối đe dọa đơn độc lớn nhất đối với các lực lượng phương Tây và Afghanistan, đặc biệt là ở miền Đông Afghanistan. Nhóm Haqqani nổi lên như là một trong những mục tiêu chính của những cuộc tấn công bằng drone trong vòng một năm qua. Một quan chức Mỹ nói: "ISI không có ý định giúp Mỹ tiêu diệt mạng lưới Haqqani".
CIA không tiến hành bất cứ chiến dịch drone nào trong những khu vực bộ tộc của Pakistan kể từ ngày 23/1 vừa qua, và đây được coi là khoảng thời gian dài nhất vắng bóng những chiếc drone trên bầu trời các khu vực bộ tộc này từ sau khi ông Obama trở thành tổng thống Mỹ. Những cuộc tấn công drone lên đến đỉnh điểm trong tháng 9/2010 với kỷ lục là 22 cuộc tấn công, và bắt đầu giảm xuống thấp ở mức 9 cuộc tấn công trong tháng 1/2011.
Quan chức tình báo Mỹ giải thích sự giảm bớt số vụ tấn công drone này là do thời tiết mùa đông không thuận lợi cho chiến dịch. Tuy nhiên đó chỉ là cái cớ, thực ra rất có thể CIA không được cung cấp thông tin đầy đủ, chính xác để thực hiện các chiến dịch tiêu diệt Taliban.
Những vấn đề giữa CIA và ISI xuất phát từ nhiều yếu tố, trong đó bao gồm sự giận dữ của người Pakistan trước sự việc quan chức Mỹ công khai bình luận rằng Pakistan không nhiệt tình chiến đấu, và người Pakistan lo lắng rằng CIA đang cố OK9 đã banh mạng lưới gián điệp của họ ở Pakistan để kiểm soát ISI. Còn người Mỹ trách cứ ISI đã cố tình để tiết lộ danh tính của Trưởng trạm CIA ở Islamabad.
Những cuộc họp giữa ISI và CIA - trước đây được tổ chức 10 ngày một lần - đang ngày càng thưa thớt đi, một sĩ quan cao cấp ISI nói. Còn một quan chức Mỹ cho biết những cuộc tiếp xúc giữa hai cơ quan tình báo vẫn được duy trì nhưng ít đi vào những chi tiết hơn trước đây. Nữ Thượng nghị sĩ Dianne Feinstein, Chủ tịch Ủy ban Tình báo Thượng viện Mỹ nói, bà nhìn thấy mối quan hệ CIA - ISI có vẻ như "không còn mấy thân thiện" nữa, bởi vì ISI "đang bước đi ở cả hai bên con đường"